El Centro Nacional de Análisis Genómico (CNAG) de Barcelona, creado en 2009, es una institución encargada de llevar a cabo grandes proyectos en el área de la investigación genómica (para la secuenciación y análisis del ADN). Para su actividad, este centro se basa en la supercomputación a través de tecnología de Bull.

El CNAG comenzó a operar en marzo de 2010 con doce secuenciadores de nueva generación que le permiten una capacidad de secuenciación de más de 800 Gbases/día, el equivalente a secuenciar por completo ocho genomas humanos cada 24 horas.

Su equipo de bioinformática se apoya en una infraestructura de computación extrema, basada en tecnología de Bull, con 2,7 petabytes de almacenamiento de datos y más de 1.200 núcleos de computación.

El centro de Barcelona participa en proyectos de secuenciación a gran escala en áreas tan diversas como la genética del cáncer, enfermedades raras, las interacciones huésped-patógeno, la preservación de especies en peligro de extinción, los estudios evolutivos y la mejora de las especies de interés agrícola, en colaboración con científicos de universidades, hospitales, centros de investigación y empresas del sector de la biotecnología y del farmacéutico.

Desde el primer día, la capacidad de secuenciación del centro ha ido ligada a una arquitectura de supercomputación potente y escalable. Para conseguirlo Bull trabajó en estrecha colaboración con el CNAG en el diseño e implementación de una infraestructura singular que optimiza computación, almacenamiento y comunicaciones, creando así un entorno flexible que permite aumentar la capacidad de análisis de manera sencilla.

“No se trata solo de aumentar la capacidad de secuenciación con la compra de nuevas máquinas, sino de diseñar desde el momento cero las infraestructuras computacionales adecuadas, con la ayuda de un socio tecnológico con experiencia en el campo de la genómica. También es clave elegir una infraestructura de núcleo flexible que permita crecer sin límites, junto con los proyectos de genómica”, indica Ivo G. Gut, director del CNAG.

Debido a la falta de procedimientos estándar en el procesamiento de genoma y para permitir el re-análisis futuro de la información, el CNAG almacena la salida de cada paso en el procesamiento de los datos. Actualmente, el centro es un importante contribuyente en tres grandes iniciativas internacionales: el Consorcio internacional del Genoma del Cáncer (ICGC), el Consorcio Internacional de Investigación de Enfermedades Raras (IRDiRC) y el Consorcio Internacional de Epigenoma Humano (IHEC).

El descenso en los costes de secuenciación está haciendo posible su incorporación al entorno hospitalario. “La implementación completa de la genómica en los sistemas sanitarios pasa por la resolución de ciertos desafíos científicos y tecnológicos. Son estos últimos a los que Bull trata de dar solución a través de sus capacidades en computación extrema”, indica Natalia Jiménez, PhD consultora de salud y ciencias de la vida de Bull.

“Un fichero no procesado correspondiente al genoma completo de un individuo puede pesar 150 GB y este fichero ha de mapearse contra el genoma de referencia utilizando algoritmos bioinformáticos que requieren un alto poder computacional. Además estos datos deben de almacenarse durante el tiempo que dicten las normativas vigentes, que en cualquier caso supera los 5 años”.